Samostatný vodný od motorovej nafty je nevyhnutné pre prevádzku vznetového motora. Odstránenie vody sa vykonáva s odlučovač vody paliva inštalovaný v palivového systému motora.
Najtypickejšie filtračného média v týchto separátorov je hydrofóbna bariéru médií, ako sú silikónové ošetrené celulózy. Toto médium oddeľuje vody na jeho povrch odpudzuje vodu. Vody v palive je zamietnutá a korálky až na návodnej strane médií. Ako sa zamieta viac vody, korálky splývajú do veľkých kvapiek a ústi do kolekcie cup.
Ďalším úspešným mediálnym je hydrofilná hĺbka zráža médií, ako je sklo Mikrovláknové. Toto médium má vysokú afinitu k vode. Ako voda v palivovom stretne médiá, spája so sklených vlákien, kde sa pripojilo viac vody postupne rastie do masívny kvapky. Voda sa pohybuje cez filter s palivom. Na strane následný voda padá z prietoku paliva do šálky zbierky kvôli jeho vyššiu hustotu, zatiaľ čo suché palivo stúpa, výstupný filter.
Účinné odstránenie z paliva je považované za fundamentálne pre zachovanie systémy vstrekovania paliva, a teda dosiahnutie emisných cieľov.
